Fusarium est un vaste genre de champignons saprophytes communs dans le sol, présent partout dans le monde. La plupart des espèces sont inoffensives et assez abondantes au sein de la communauté microbienne du sol. Néanmoins, certaines espèces de Fusarium peuvent avoir des répercussions économiques considérables en raison de leurs impacts dévastateurs sur les cultures.
Espèces de Fusarium
Dans les débuts, un brin de confusion régnait au niveau de la taxonomie, avec plus de 1 000 espèces, variétés et races à classer. Au fil du temps, les gens ont commencé comprendre que les Fusarium cousaient de graves maladies. Il est donc devenu primordial de créer un système de classification précis. Aujourd’hui, les scientifiques ne s’entendent toujours pas totalement concernant la classification de neuf à environ cinquante espèces, de zéro à vingt-neuf variétés et de zéro à douze formes.
En raison de la confusion entourant l’identification de nombreuses espèces de Fusarium, le système de classification tient aussi compte de la symptomatologie de la plante. Par conséquent, la plupart des espèces ont été divisées en groupes selon le type de maladie qu’elles causent, par exemple le chancre fusarien (Fusarium stem canker), la pourriture fusarienne (Fusarium foot rot) et la flétrissure fusarienne (Fusarium wilt).
Le groupe du chancre fusarien correspond à un champignon tellurique causé par six espèces (F. sulphureum, F. graminearum, F. lateritium, F. sambucinum, F. avenaceum et F. culmorum). Le groupe de la pourriture fusarienne des collets/coutronnes et racines désigne un champignon tellurique causé principalement par l’espèce F. solani. Finalement, le groupe de la flétrissure fusarienne représente un champignon vasculaire causé principalement par un pathogène qui se retrouve dans le xylème appelé F. oxysporum. Dans ce groupe, F. oxysporum se présente sous diverses formes spécialisées, aka formea specialis (f.sp.), qui infectent une variété d’hôtes et causent diverses maladies.
F. oxysporum f.sp vasinfectum et F. oxysporum f.sp. apii entraînent la fonte des semis et sont tous deux identiques d’un point de vue morphologique; c’est leur hôte qui diffère et dicte ainsi le nom de la sous-espèce. Il y a toutefois un débat continu entourant le système de classification puisque de nombreux scientifiques suggèrent que F. oxysporum f.sp apii relève du même groupe que f.sp vasinfectum. Ainsi, la caractérisation des sous-groupes plus spécifiques est aujourd’hui fondée sur la génétique des champignons plutôt que sur leur interaction hôte-pathogène.
F. oxysporum f.sp.cubenses est une sous-espèce bien définie qui cause la maladie de Panama sur les Musa spp. Ce pathogène a entraîné la disparition du cultivar de banane « Gross Michael », après quoi la nouvelle variété de bananes Cavendish a été introduite en raison de sa résistance au Fusarium. Tout comme pour les bananiers, des programmes de sélection végétale visant la résistance au Fusarium spp. sont en cours pour une grande variété de cultures, notamment les céréales, le coton, les pommes de terre et les tomates.
Dommages et cycle de la fusariose
Les colonies de Fusarium sont habituellement pâles ou de couleur vive (selon les espèces) et peuvent présenter un mycélium aérien à l’aspect cotonneux. Leur couleur varie de blanchâtre à jaune, à brunâtre, à rose et à rougeâtre. Les espèces de Fusarium produisent habituellement des spores (appelés macro et microconnidies) à des fins de reproduction et de propagation.
Les symptômes du chancre fusarien commencent avec une lésion de l’épiderme, suivie de chloroses et de nécroses. Habituellement, le tronc, les branches ou les tiges près de la lésion gonflent, créant un chancre qui peut fendre. Les feuilles des tiges affectées fanent et se nécrosent, sans toutefois tomber de la plante. Ce pathogène peut aussi entraîner la fonte des semis.
Si l’on se fie à la symptomatologie de l’hôte, il est facile de confondre la pourriture fusarienne avec le chancre fusarien puisqu’ils peuvent tous deux causer des chancres. Toutefois, le chancre fusarien entraîne une décoloration rougeâtre du xylème tandis que la pourriture fusarienne se distingue par des chancres mous, foncés ou noirs, qui entraînent une décoloration brun foncé au niveau de la tige.
Fusarium solani (pourriture fusarienne) est un champignon saprophyte, c’est-à-dire qu’il peut coloniser des tissus végétaux morts ou mourants. Ce champignon peut envahir les tiges aux nœuds ou à la ligne du sol, et tirer avantage des blessures de la plante. Ses spores germent durant de longues périodes de forte humidité et de hautes températures.
Fusarium oxysporum (flétrissure fusarienne) est aussi un champignon saprophyte qui survit dans le sol entre les cycles de culture, dans des débris de plantes infectées. Le champignon peut survive sous forme de mycélium ou de l’un ou l’autre de ses trois différents types de spores. Les racines peuvent être infectées directement au niveau de l’apex de la racine ou par une blessure. Une fois qu’il s’immisce à l’intérieur du plant, le mycélium croît dans le cortex racinaire jusqu’à ce qu’il atteigne le xylème, pour ensuite se propager dans le tissu vasculaire de la plante. Ce phénomène réduit l’apport en eau et en nutriments : les feuilles fanent et la plante finit par mourir.
Gestion et contrôle de la fusariose
Les espèces de Fusarium pathogènes sont difficiles à contrôler en raison de leur capacité à survivre dans le sol pendant de longues périodes, avec ou sans hôte, sans parler de leur condition saprophyte.
Savoir reconnaître les symptômes de la maladie rapidement dans son développement est la pratique la plus efficace pour prévenir la propagation de la fusariose. En outre, la désinfection du sol, l’utilisation de fongicides chimiques, une bonne rotation des cultures et l’utilisation de cultivars résistants représentent toutes des pratiques de culture, biologiques et chimiques, pouvant aider à gérer la fusariose.
